La evidencia histórica indica que las islas de la región fueron descubiertas unos dos o tres mil años atrás por exploradores del Sudeste de Asia. Durante aquellos primeros tiempos también existieron relaciones estrechas entres las islas vecinas.

Durante los tiempos medievales, la clase que regía en Pohnpei era la de los Saudeleures, una dinastía tiránica que reinaba desde Nam Madol. Ohlosohpa, el primero de los 16 Saudeleures, fue uno de los que construyó esta ciudad de canales alrededor del año 500 AC.

Luego, en el siglo XIII, se estableció una nueva dinastía, cuando Isokelekel destruyó al último de los reyes Saudeleures. Esta nueva Dinastía fue las de Nahnmwarki y su sistema de gobierno está vigente hasta hoy en día.

En el siglo XIX, España convirtió a Pohnpei en una de sus colonias, pero luego de la Guerra entre España y Estados Unidos (1899) los alemanes tomaron el control. Esto duró hasta 1914 cuando, durante la Primera Guerra Mundial, Japón ocupó la isla.

Fue después de la Segunda Guerra Mundial que los Estados Unidos tomaron el control y proclamaron a las islas como territorio bajo el mandato de las Naciones Unidas.

Finalmente en 1979, se estableció una federación entre Pohnpei, Yap, Chuuk and Kosrae, islas vecinas del territorio bajo mandato.

Estas cuatro islas se convirtieron en los Estados Federados de Micronesia. En 1986, los Estados Unidos ratificó el Tratado de Libre Asociación y el FSM ganó su independencia oficial. Los estados Federados de Micronesia se unieron a las Naciones Unidas como estado soberano en 1991.